הסמכות לערוך שומת מס לפי מיטב השפיטה מסורה למנהל מע"מ מכוח סעיף 77 לחוק מס ערך מוסף.
עוסק אשר הגיש דו"ח תקופתי ולדעת המנהל הדו"ח איננו מלא או איננו נכון או שאיננו נתמך במסמכים או נמצא כי לא ניהל פנקסי חשבונות כדין בעסקו, עשוי להיות חשוף במסגרת ביקורת חשבונות לקביעת שומה לפי מיטב השפיטה.
בנוסף, יתכן מצב בו מנהל מע"מ יגיע למסקנה לפיה הכנסותיו של העוסק ביחס להוצאותיו נמוכים באופן חריג לנתוני העוסקים הפועלים באותו ענף, זאת לאורך זמן וללא הסבר סביר, במקרים מסוג אלו עשויה להיקבע שומה לפי מיטב השפיטה.
שומת המס עשויה להגיע לסכומי חיוב גבוהים ביותר, זאת ללא כל קשר להכנסות והוצאות העסק בפועל, שכן שומה זו אין ביכולתה לשקף ולדייק הלכה למעשה את הוצאות והכנסות העסק שכן אין השומה מבוססת ראייתית, אלא נתמכת בהערכות וסטטיסטיקה ענפית שנמצאת בידי המנהל.
השומה תארך בתוך חמש שנים ממועד הגשת הדו"ח, ואם הורשע הנישום במסירת ידיעות כוזבות בדו"ח או מעשה אחר שיש בו כוונה להתחמק ממס, תוך עשר שנים ממועד הגשת הדו"ח. הודעת השומה תפרט את נימוקיי השומה וייתכן שתיקבע בהסכמה עם הנישום.
במידה והנישום חולק על השומה שהוצאה לו, באפשרותו להגיש השגה על השומה. ההשגה תוגש בכתב, תוך 30 ימים לאחר שהומצאה לעוסק כשהיא מנומקת. נטל ההוכחה מוטל על כתפי העוסק.
לאחר הגשת ההשגה, יתנהל דיון ובסופו רשאי מנהל מע"מ לקבל את ההשגה או להגיע להסכם עם הנישום בדבר המס שעליו לשלם. במידה ולא הושג הסכם, רשאי המנהל לקיים את השומה, להגדילה או להקטינה. ככל שלא תינתן החלטה בהשגה בתוך שנה מיום הגשתה – תתקבל ההשגה.
עוסק החולק על החלטה בהשגה, רשאי לערער על ההחלטה לבית המשפט המחוזי תוך 60 ימים לאחר שהומצאה.